Sekolah Melati Indonesia didirikan pada bulan Juli tahun 1996, yang dimulai dari tingkat Kelompok Bermain (KB) dan Taman Kanak Kanak (TK) dan pada saat itu Sekolah Melati Indonesia dikelola oleh Ibu Evy Setiawati selaku Ketua Yayasan. Demi kesinambungan pendidikan yang telah ada, pada tahun 2000 Sekolah Melati indonesia mengembangkan sekolah ke tingkat Sekolah Dasar (SD).

Seiring berjalannya waktu, Yayasan Pendidikan Bunga Bangsa pada tanggal 18 Mei 2009 mengalihkan pengelolaan Sekolah kepada Bpk. Dr. Waluyo D.C dihadapan Notaris Sri Irmiati, SH dengan Akta No. 4 tanggal 15 Mei 2009. Saat ini Sekolah Melati Indonesia dibawah pengelolaan Yayasan Tunas Nusantara Rumekso dengan Akta pengesahan Yayasan dari Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia No. AHU-6425.AH.01.04. tahun 2011

Setelah mengalami pengingkatan dan perkembangan yang pesat dibawah pengelolaan Yayasan Tunasa Nusantra Rumekso, maka pada tahun 2010 Sekolah Melati Indonesia kembali mengembangkan tingkat pendidikan yang ada ke level selanjutnya dengan mendirikan SMP Melati Indonesia.

Pada saat ini, program-program atau konsep yang sudah dijalankan oleh Sekolah akan tetap dilanjutkan. Dengan Kurikulum Nasional dan mengembangkan nilai serta metode pengajaran yang interaktif, kreatif dan inovatif. Sekolah Melati Indonesia tetap akan berusaha untuk mengembangkan diri dengan penyempurnaan Kurikulum pemerintah yang disesuaikan dan peningkatan perbaikan infrastruktur yang lebih baik dan memadai.

Stastus Akreditasi Sekolah Melati Indonesia (KB/TK dan SD) terakreditasi A dengan nilai Amat Baik, sehingga lebih menambah kepercayaan orangtua dan masyarakat dengan keberadaan Sekolah kami.

Kelulusan siswa/i Sekolah Melati Indonesia mampu menembus jenjang sekolah yang lebih tinggi baik Sekolah Negeri mapupun Sekolah Swasta percontohan dan terfavorit di wilayah JABODETABEK.

Siswa/i Sekolah Melati Indonesia juga selalu mengikuti Ajang Prestasi Lomba yang diadakan baik oleh pemerintah maupun Pihak Swasta  dengan hasil prestasi yang membanggakan dan mampu mengharumkan nama Sekolah Melati Indonesia di lingkungan sekitar.

Tenaga pendidik Sekolah Melati Indonesia hampir 100% lulusan dari Universitas Keguruan Negri maupun Swasta yang terkenal dan setiap tahun mutu pengajarannnya selalu ditingkatkan dengan diadakan atau diikutsertakan bagi Tenaga Pendidik untuk mengikuti seminar pendidikan sampai workshop penanganan anak didik oleh pihak yayasan, sehingga tenaga pendidik di Sekolah Melati Indonesia mempunyai keahlian dalam bidang pendidikan dan pengajaran yang sesuaI dengan VISI dan MISI Sekolah. Pada saat ini Tenaga pengajar Sekolah Melati Indonesia hamir 100% sedang dalam proses tersertifikasi.